目前，自收自支运作模式是事业单位进行财务管理建设的重中之重，占据着极其重要的行业地位，已经得到了事业单位内部普遍的重视与关注，是社会大众普遍关注的焦点性话题。事业单位要想更好地适应于市场经济体制的发展需求，就必须要提升自收自支事业单位财务管理水平，确保事业单位管理工作的质量和水平，是事业单位生存发展建设的重要保障。
一、提升自收自支事业单位财务管理水平中所存在的不足之处
自收自支事业单位由于自身的性质，需要在管理过程中保持较高的自主权，事业单位要从财务管理的实际情况出发，要掌握一定的管理策略，对管理中可能出现的问题要采取切实可行的优化措施来予以治理。目前，自收自支事业单位财务管理中所存在的问题主要体现在：
(一)缺乏对财务管理工作高度的重视
财务管理工作在自收自支事业单位中的应用，过于注重资金收支情况的统计。基于这种情况，并不重视税务管理和财务统筹管理，使财务管理水平始终停滞不前。在实际问题发生时，难免有些猝不及防。事业单位自收自支方式的应用，并不需要地方财政的拨款。但是，事业单位管理者严重缺少对于财务管理的重视程度与认知程度，误认为财务管理与资金管理并无明显的区别，只要确保出纳工作的顺利实施，就可以增强资金的安全性与稳定性。与此同时，事业单位与一般企业又有着很大的差别，特别对于市场占有率来说。而且事业单位的具体管理工作又是企业所不能代替的，事业单位市场竞争力严重缺失，无法保障科学高效财务管理工作的进行。
(二)缺少严谨缜密的监督体系
自收自支事业单位自身可以满足资金方面的需求，地方监督与管理不够深入，使地方政府无法对事业单位实施有效地管理。事业单位在具体的经营与管理中，个人主观性和随意性比较深入。自收自支事业单位领导人在事业单位中占据着极其重要的地位，然而有的单位管理者却迟迟没有认识到监督与管理对于自身发展建设的重要意义。对于监管部门的设置来说，缺少对于相关体制的建设，进而在实际工作中屡屡碰壁。同时，一些自收自支事业单位虽然设立了一定的监管部门，也规定了责任人的刚工作权限和工作范围。但是，监管部门的权力仍然比较狭隘，监督机制严重缺失。在财务管理工作的监督中，政策制度的落实力度不够强化，财务管理人员在相关的经营管理活动中，工作热情不浓厚。
(三)缺少高度的税务管理和财务统筹管理
自收自支事业单位在财务管理中，将资金的管理作为工作的关键要点，而资金的使用效率与财务管理水平的关系是紧密联系、密不可分的。造成资金使用效率低下的原因主要是由于缺乏高度的税务管理和财务统筹管理所引起的。在资金的管理中，重点涵盖着收入资金、支出资金以及纳税资金[1]。由于受到“营改增”政策的影响，使自收自支事业单位处于机遇与挑战并存的发展趋势，税务管理和财务统筹管理的应用，对自收自支事业单位产生了极其深远的影响。但是，单位在具体的管理方法和手段中却存在着严重的落后性、单一性。
(四)管理机构设置中存在着较大的不合理性
自收自支事业单位在进行财务管理中，要设置配套可行的管理机构，岗位设计要保证良好的可针对性和可执行性，并且能够顺利解决财务管理工作中所存在的一些问题。但是，在自收自支事业单位中，缺少对于财务管理工作的岗位设置，“一兼数职”的现象普遍存在，也不能及时有效地处理财务管理工作中存在的问题，还有些自收自支事业单位过多地设置财务管理部门，出现了严重冗余现象，浪费了大量的人力、物力和财力。
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